Då biogasen ska användas som fordonsgas eller tillföras naturgasnätet krävs rening av korrosiva ämnen, partiklar och vatten samt höjning av energivärdet genom borttagning av koldioxid. Reningsprocessen kallas uppgradering och kan göras med olika tekniker. Det finns idag fler än 60 uppgraderingsanläggningar i Sverige (2016). När biogasen uppgraderats innehåller den omkring 97 % metan och endast 3 % koldioxid och kvävgas.